首先，弹出某个层时需要给层取名（赋值），如：

var mylay = layer.open({
 
  type: 2,
 
  content: 'layer.html',
 
  title: false,
 
  area: ['500px', '500px']
 
});

需要关闭指定的弹出层时，直接：

layer.close(mylay)

如果在弹出层中写js，将弹出层自身关闭，可以先获取到弹出层名字，再将其关闭

var mylay = parent.layer.getFrameIndex(window.name);
 
parent.layer.close(mylay);